Katedra Genetyki i Podstaw Hodowli Zwierząt
Wydział Medycyny Weterynaryjnej i Nauk o Zwierzętach
Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu
Zespół Bioinformatyki i Metod Obliczeniowych
Zespół Badawczy:
Główne kierunki badawcze:
- Rozwój statystycznych i obliczeniowych metod analizy genomowej
- Identyfikacja markerów DNA powiązanych z ryzykiem otyłości i innych cech złożonych
- Zastosowania analizy bayesowskiej w genetyce
Stosowane techniki badawcze:
- Standardowe algorytmy w potokach NGS, GWAS
- Dedykowane algorytmy w językach C, C++, Python, Perl, R
Citius – algorytm Markov Chain Monte Carlo (MCMC) do wyznaczania prawdopodobieństwa genotypów oraz wspólnego pochodzenia wariantów (IBD) w populacjach o złożonej strukturze spokrewnień z niepełną informacją genotypową – http://merlin.up.poznan.pl/~mcszyd/citius/
Gene content – algorytm do wyznaczania oczekiwanej liczby kopii allelu w genotypie: Gengler N, Mayeres P, Szydlowski M. A simple method to approximate gene content in large pedigree populations: application to the myostatin gene in dual-purpose Belgian Blue cattle. Animal. 2007;1(1):21-28. doi:10.1017/S1751731107392628
Wybrane publikacje (ostatnie 2 lata)
2023
Szydlowski, M (2023), A clue to the etiology of disorders of sex development from identity-by-descent analysis in dogs with cryptic relatedness, Animal Genetics, 54, 166-176 (IF’2021=2.885; 5-year IF’2021=2.726)
Antkowiak M., Szydlowski M. (2023), Uncovering structural variants associated with body weight and obesity risk in labrador retrievers: a genomewide study., Frontiers in Genetics, 14:1235821 (IF’2022=3.7) doi: 10.3389/fgene.2023.1235821
Sypniewski M., Szydlowski, M. (2023), A study of 41 canine orthologous of human genes involved in monogenic obesity reveals marker in the ADCY3 for body weight in Labrador retrievers, Veterinary Sciences, 10, 390 (IF’2021=2.518)
2022
Nowacka-Woszuk J., Stachowiak M., Szczerbal I., Szydlowski M., Szabelska-Beresewicz A., Zyprych-Walczak J., Krzeminska P., Nowak T., Lukomska A., Ligocka Z., Biezynski J., Dzimira S., Nizanski W., Switonski M. (2022), Whole genome sequencing identifies a missense polymorphism in PADI6 associated with testicular/ovotesticular XX disorder of sex development in dogs, GENOMICS, 114 (4), 110389. (IF’2020 = 5,735; 5-years IF’2020 = 4,939)
Projekty badawcze (zakończone)
NCN-OPUS: Identyfikacja markerów otyłości psów przy pomocy sekwencjonowania całogenomowego nr 2016/23/B/NZ2/01762, kierownik projektu: prof. dr hab. Maciej Szydłowski, 2017-2022.
Wykaz głównych przedmiotów prowadzonych przez członków Zespołu:
Bioinformatyka – kierunki – Biologia (II°), Biotechnologia (II°), kierownik – prof. Maciej Szydłowski
Biostatystyka, biomatematyka i metody dokumentacji – kierunek – Weterynaria, kierownik – prof. Maciej Szydłowski
Genetyka cech ilościowych – kierunki– Biologia (II°), Biotechnologia (II°), kierownik – prof. Maciej Szydłowski
- Przedmioty prowadzone w j. angielskim:
Experimental Design – kierunek – Animal Production Management (I°), kierownik – prof. Maciej Szydłowski
Principles of Bioinformatics – kierunek – Animal Production Management (I°), kierownik – prof. Maciej Szydłowski
