Katedra Genetyki i Podstaw Hodowli Zwierząt
Wydział Medycyny Weterynaryjnej i Nauk o Zwierzętach
Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu
Zespół Genomiki i Diagnostyki Genetycznej
Zespół Badawczy:
Główne kierunki badawcze:
- Podłoże cytogenetyczne i molekularne chorób i wad rozwojowych, głównie zaburzeń rozwoju płci
- Genomika i epigenomika otłuszczenia/otyłości
- Nutrigenomika
- Architektura jądra interfazowego
- Modyfikacje genetyczne mezenchymalnych komórek macierzystych (MSC) świni z wykorzystaniem techniki CRISPR/Cas9
- Genomika i epigenomika nowotworów
- Bioinformatyczna analiza sekwencji DNA
Stosowane techniki badawcze:
- Prowadzenie hodowli komórkowych in vitro (limfocyty, fibroblasty, MSC, linie nowotworowe)
- Techniki cytogenetyki klasycznej (barwienia chromosomów, kariotypowanie) oraz molekularnej (fluorescencyjna hybrydyzacja in situ – FISH i jej odmiany: 3D-FISH, RNA-FISH, immuno-FISH)
- Barwienia immunoflurescencyjne (IF)
- Sekwencjonowanie DNA techniką Sangera
- Sekwencjonowanie NGS (MiSeq)
- PCR w czasie rzeczywistym (real-time PCR)
- Emulsyjny PCR (ddPCR)
- Analiza metylacji DNA poprzez pirosekwencjonowanie
- Immunoprecypitacja chromatyny (ChIP)
Wybrane publikacje (ostatnie 3 lata)
2023
Bilinska A., Pszczola M., Stachowiak M., Stachecka J., Garbacz F., Aksoy M.O., Szczerbal I. (2023). Droplet Digital PCR Quantification of Selected Intracellular and Extracellular microRNAs Reveals Changes in Their Expression Pattern during Porcine In Vitro Adipogenesis. Genes 14(3), 683.
Matuszewska J., Nowacka-Woszuk J., Radziejewska A., Grzęda E., Pruszyńska-Oszmałek E., Dylewski Ł., Chmurzyńska A., & Sliwowska J. H. (2023). Maternal cafeteria diet influences kisspeptin (Kiss1), kisspeptin receptor (Gpr54), and sirtuin (Sirt1) genes, hormonal and metabolic profiles, and reproductive functions in rat offspring in a sex-specific manner. Biology of Reproduction 109 (5), 654–668.
Ruszkowski J.J., Nowacka-Woszuk J., Nowak T., Rozynek J., Serwanska-Leja K., Gogulski M., Kolodziejski P., Switonski M., Zdun M., Szczerbal I. (2023). Cleft Lip and Palate in Four Full-Sib Puppies from a Single Litter of Staffordshire Bull Terrier Dogs: An Anatomical and Genetic Study. Animals 13, 2749.
Smulski S., Pszczola M., Stachowiak M., Bilinska A., Szczerbal I. (2023). Droplet digital PCR quantification of selected microRNAs in raw mastitic cow’s milk from the west of Poland. Journal of Veterinary Research 67, 583-591.
Szczerbal I., Malek E., Rigillo A., Lukomska A., Kacprzak K., Gasparini S., Nowacka-Woszuk J., Stachowiak M., Aksoy MO., Switonski M. (2023). Non mosaic X monosomy (77,X) in a female dog with signs of virilization. Journal of Applied Genetics 64, 169-172.
Szczerbal I., Nowacka-Woszuk J., Rozynek J., Stachowiak M., Switonski M. (2023). X monosomy in a British shorthair cat with skeletal abnormalities and behavioral problems. Animal Genetics 54, 655-656.
Wozniak J., Loba W., Iskrzak P., Pszczola M., Wojtczak J., Switonski M., Nowacka-Woszuk J., (2023). A confirmed association between DNA variants in CAPN9, OSM, and ITGAM candidate genes and the risk of umbilical hernia in pigs. Animal Genetics 54(3), 307-314.
Wozniak J., Loba W., Wysocka A., Dzimira S., Przadka P., Switonski M., Nowacka-Woszuk J. (2023). Altered Transcript Levels of MMP13 and VIT Genes in the Muscle and Connective Tissue of Pigs with Umbilical Hernia. Genes 14(10), 1903.
2022
Flisikowski K, Perleberg C, Niu G, Winogrodzki T, Bak A, Liang W, Grodziecki A, Zhang Y, Pausch H, Flisikowska T, Klinger B, Perkowska A, Kind A, Switonski M, Janssen KP, Saur D, Schnieke A. (2022). Wildtype APC influences the severity of familial adenomatous polyposis. Cellular and Molecular Gastroenterology and Hepatology 13(2), 669-671.
Nowacka-Woszuk J., Stachowiak M., Szczerbal I., Szydlowski M., Szabelska-Beresewicz A., Zyprych-Walczak J., Krzeminska P., Nowak T., Lukomska A., Ligocka Z., Biezynski J., Dzimira S., Nizanski W., Switonski M. (2022). Whole genome sequencing identifies a missense polymorphism in PADI6 associated with testicular/ovotesticular XX disorder of sex development in dogs. Genomics 114 (4), 110389.
Stachowiak M., Szczerbal I., Nowacka-Woszuk J., Nowak T., Sowinska N., Lukomska A., Gogulski M., Sklorz-Mencel K., Jagodka S., Nizanski W., Dzimira S., Switonski M. (2022). Cytogenetic and molecular insight into the genetic background of disorders of sex development in seventeen cats. Scientifc Reports 12, 17807.
Szczerbal I., Nowacka-Woszuk J., Stachowiak M., Lukomska A., Konieczny K., Tarnogrodzka N., Wozniak J., Switonski M. (2022). XX/XY chimerism in internal genitalia of a virilized heifer. Animals 12, 2932.
Krzeminska P., Nowacka-Woszuk J., Switonski M. (2022). Copy number variation of the SRY gene showed an association with disorders of sex development in Yorkshire Terrier dogs. Animal Genetics 53(1), 152-155.
Krzeminska P., Nowak T., Switonski M. (2022). Isolated cryptorchidism in dogs is not associated with polymorphisms of the INSL3 and AR candidate genes. Animal Genetics 53(2), 233-235
2021
Naillat F., Saadeh H., Nowacka-Woszuk J., Gahurova L., Santos F., Tomizawa S., Kelsey G. (2021). Oxygen concentration affects de novo DNA methylation and transcription in in vitro cultured oocytes. Clinical Epigenetics 13, 132.
Nowacka-Woszuk J., Mackowski M., Mantaj W., Stefaniuk-Szmukier M., Cieslak J. (2021). Equine STX17 intronic triplication confirmed by droplet digital PCR analysis of its breakpoints. Animal Genetics 52, 567-56.
Nowacka-Woszuk J., Mackowski M., Stefaniuk-Szmukier M., Cieslak J. (2021). The equine graying with age mutation of the STX17 gene: A copy number study using droplet digital PCR reveals a new pattern. Animal Genetics 11, 223-227.
Shaffer L.G., Hopp B., Switonski M., Zahland A., Blake C. Ballif B.C. (2021). Identification of aneuploidy in dogs screened by a SNP microarray. Human Genetics 140, 1619-1624.
Stachecka J., Kolodziejski P.A., Noak M., Szczerbal I. (2021). Alteration of active and repressive histone marks during adipogenic differentiation of porcine mesenchymal stem cells. Scientific Reports 11, 1325.
Szczerbal I., Nizanski W., Dzimira S., Nowacka-Woszuk J., Stachecka J. Biezynski J., Ligocka Z., Jagodka D., Fabian-Kurzok H., Switonski M. (2021). Chromosome abnormalities in dogs with disorders of sex development (DSD). Animal Reproduction Science 230, 106771.
Nowacka-Woszuk J. (2021). The genetic background of hernia in pigs: A review. Livestock Science 244, 104317.
Szczerbal I., Switonski M. (2021). Clinical cytogenetics of the dog: A review. Animals 11, 947.
Projekty badawcze (aktualnie realizowane)
NCN-OPUS: Wykorzystanie analizy transkryptomicznej do identyfikacji genów związanych z występowaniem przepuklin pępkowych świń, nr 2019/33/B/NZ9/00654, kierownik projektu: dr hab. Joanna Nowacka – Woszuk, 2020-2025.
NCN-OPUS: Zastosowanie technologii CRISPR-Cas9 do wyjaśnienia czy zmiany architektury jądra interfazowego w trakcie adipogenezy są przyczyną czy skutkiem aktywności transkrypcyjnej genów, nr 2018/29/B/NZ2/00956, kierownik projektu: prof. dr hab. Izabela Szczerbal, 2019-2025.
NCN-PRELUDIUM: Dodatek pieprzycy peruwiańskiej (Lepidium meyenii) w żywieniu świń i jej wpływ na gospodarkę lipidową – badanie nutrigenomiczne, nr 2020/39/O/NZ9/00816, kierownik projektu: prof. UPP Joanna Nowacka-Woszuk, 2021-2025.
Projekty badawcze (zakończone w ostatnich 3 latach)
NCN-OPUS: Identyfikacja markerów genetycznych i epigenetycznych związanych z wnętrostwem psów, nr 2018/29/B/NZ9/01065, kierownik projektu: prof. Marek Świtoński, 2019-2023.
NCN-OPUS: Kompleksowa charakterystyka regionów kandydujących w genomie psa dla monogenowych zaburzeń rozwoju płci, oparta o sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) i cyfrowy emulsyjny PCR (ddPCR), nr 2016/23/B/NZ9/03424, kierownik projektu: prof. dr hab. Marek Świtoński, 2017-2021.
NCN-SONATA: Identyfikacja molekularnych zjawisk przyczynowych związanych z wczesnym rozwojem raka jelita grubego u genetycznie zmodyfikowanych świń w locus APC, nr 2016/21/D/NZ2/03830, kierownik projektu: dr hab. Monika Dragan, 2017-2022.
-
Wykaz głównych przedmiotów prowadzonych przez członków Zespołu:
Genetyka ogólna i weterynaryjna – kierunek – Weterynaria, kierownik przedmiotu – prof. Marek Świtoński
Genetyka – kierunek – Biotechnologia (I°), kierownik – prof. Marek Świtoński (przedmiot prowadzony wspólnie z Katedrą Genetyki i Hodowli Roślin, Wydział Rolnictwa, Ogrodnictwa i Bionżynierii)
Genetyka ogólna – kierunek – Biologia (I°), kierownik – prof. Marek Świtoński
Cytogenetyka i inżynieria chromosomowa – kierunek – Biotechnologia (I°) , kierownik – prof. Marek Świtoński (przedmiot prowadzony wspólnie z Katedrą Genetyki i Hodowli Roślin, Wydział Rolnictwa, Ogrodnictwa i Bionżynierii)
Genetyka człowieka – kierunek – Biologia (II°), kierownik – prof. Marek Świtoński
Diagnostyka chorób genetycznych zwierząt – kierunek – Weterynaria, kierownik – prof. Marek Świtoński
Bioinformatyka – kierunki – Biologia (II°), Biotechnologia (II°), kierownik – prof. Maciej Szydłowski
Genetyka molekularna i podstawy biotechnologii – kierunek – Biologia (I°), kierownik – dr hab. Monika Dragan
Genomika i zwierzęta transgeniczne – kierunek – Biotechnologia (II°), kierownik – dr hab. Joanna Nowacka-Woszuk
Nutrigenomika i diagnostyka molekularna – kierunek – Żywienie zwierząt (II°, studia dualne), kierownik – dr hab. Joanna Nowacka-Woszuk
Diagnostyka cyto-immunogenetyczna zwierząt – kierunek Biologia (II°) – kierownik – prof. dr hab. Izabela Szczerbal
Diagnostyka genetyczna w hodowli zwierząt – kierunek Zootechnika – kierownik – prof. dr hab. Izabela Szczerbal
Genetyka molekularna i epigenetyka – kierunek Biotechnologia (I°) – kierownik – prof. dr hab. Izabela Szczerbal, przedmiot prowadzony wspólnie z Katedrą Biochemii i Biotechnologii, Wydział Rolnictwa, Ogrodnictwa i Bionżynierii
Neurogenetyka – kierunek Neurobiologia (II°) – prof. dr hab. Izabela Szczerbal, dr hab. Monika Dragan – przedmiot prowadzony wspólnie z UAM i UMP
Choroby genetyczne zwierząt i ich diagnostyka– kierunek – Biotechnologia (II°), kierownik prof. Marek Świtoński
-
Przedmioty prowadzone w. j angielskim:
Recent advances in Animal Biotechnology – kierunek Biotechnology (II°); Biotechnologia (II°) – kierownik prof. Marek Świtoński
Animal Genomics – kierunek Animal Production Management (II°) – kierownik prof. Marek Świtoński
Genetic diagnostics in Animal Breeding – kierunek Animal Production Management (II°) – kierownik prof. Marek Świtoński
Genetic Diseases of Domestic Animals – kierunek Biotechnology (II°) – kierownik prof. Marek Świtoński
Cytogenetics and Chromosome Engineering – kierunek Biotechnology (II°) – przedmiot prowadzony wspólnie z Katedrą Biochemii i Biotechnologii, Wydział Rolnictwa, Ogrodnictwa i Bioinżynierii.
